Bölüm 1 Çalıştay içeriği

R’a giriş niteliğinde birkaç ders içeriği zaten mevcut. Bu çalıştayda, süremizin sadece 2 saat olduğunu ve interaktifliğin kısıtlı olduğunu göz önüne alarak, bir R eğitiminden ziyade R’ın biyolojide uygulamalarına yönelik kısa bir örnekleme hedefledim. Çalıştay R’daki temel işlemler, operatörler, fonksiyonlar ve görselleştirme araçlarının kullanımına örnekler içerecek. Bunun için bir transkriptom veriseti kullanacağız. Bu veriseti halka açık veritabanı olan GEO’dan indirilecek. Ancak bu çalıştay “transkriptom veri analizi nasıl yapılır?”ı öğretmeyi amaçlamamaktadır. Transkriptom veri analizinde batch etkileri, normalizasyon gereklilikleri vs. bir çok kaygı vardır ve buna göre analiz basamakları gerektirmektedir. Burada yapacağımız örnek çok basit olup, gerekli olabilecek bazı basamakları atlamaktadır, bu sebeple transkriptom veri analizi örneği olarak değil R uygulamasına örnek olarak düşünülmelidir.